Al-Qaida perustettiin vuonna 1989, kun Neuvostoliitto vetäytyi Afganistanista. Järjestön perustana oli 1980-luvulla maahan saapuneiden vapaaehtoisten taistelijoiden verkosto. He kävivät Neuvostoliiton vastaista pyhää sotaa jihadia ja saivat rahoitusta sekä Yhdysvalloista että Saudi-Arabiasta.[87] Vuosina 1985–1992 arviolta 12500 ulkomaalaista sai koulutusta pommien teossa, sabotaasissa ja kaupunkisodankäynnissä leireillä, jotka perustettiin CIA:n avustuksella[88]. On epäilty, että CIA olisi kouluttanut myös Osama bin Ladenia. 1990-luvun alussa al-Qaida toimi Sudanissa, mutta vuoden 1996 jälkeen järjestön päämaja ja harjoitusleirit muutettiin Afganistaniin, missä bin Laden loi kiinteät suhteet talebaneihin.[87] Vuonna 1996 bin Laden antoi ensimmäisen fatwansa. Siinä hän julisti sodan amerikkalaisia vastaan, koska heillä oli Saudi-Arabiassa joukkoja, jotka miehittivät maata, jossa on kaksi muslimien pyhää kaupunkia.[89] FBI:n entisen johtajan Louis J. Freehin mukaan vuoden 1996 fatwa merkitsi al-Qaidan antamaa sodanjulistusta Yhdysvalloille[90].